Keberadaan Portugis menjadi ancaman Aceh. Sebaliknya, Portugis juga menganggap Aceh sebagai ancaman terhadap monopoli perdagangannya.
Untuk itu, keduanya sering terjadi bentrokan bersenjata. Kapal Portugis yang berlayar di Selat Malaka sering diserang oleh armada Aceh.
Sejak awal pemerintahannya, Sultan Iskandar Muda memilih politik konfrontasi terhadap Portugis.
Dirinya tidak pernah memberikan toleransi kepada kerajaan yang menjalin hubungan dengan Portugis, seperti Kerajaan Johor.
Berbagai peraturan dibuat Sultan Iskandar Muda dan harus ditaati oleh semua bangsa yang masuk ke Aceh.
Dengan angkatan perang yang dimiliki, Sultan Iskandar Muda tidak segan untuk menumpas kekuatan asing yang ingin merebut wilayahnya.
